Odpowiedzi oparte na genomice na eliminację COVID-19 w Wiktorii w Australii: obserwacyjne, genomiczne badanie epidemiologiczne.

Dowody przed tym badaniem

Od początku pandemii COVID-19 analiza genetyczna SARS-CoV-2 odgrywała ważną rolę w śledzeniu rozprzestrzeniania się wirusa oraz identyfikacji nowych i wysoce zakaźnych wariantów. W Australii niska częstość występowania COVID-19 oznacza, że ​​próbki ze wszystkich przypadków COVID-19 podlegają sekwencjonowaniu genetycznemu, co pozwala na bezprecedensowe śledzenie rozprzestrzeniania się SARS-CoV-2 i umożliwia szybkie reakcje w zakresie zdrowia publicznego. Przeszukaliśmy PubMed, medRxiv i bioRxiv w poszukiwaniu podstawowych badań naukowych opublikowanych w języku angielskim między 1 stycznia 2020 r. a 11 lutego 2021 r., używając kombinacji „SARS-CoV-2”, „Genomika”, „Dynamika rozwoju” i „Zdrowie publiczne”. „odpowiedź”. Zidentyfikowaliśmy sześć artykułów, które wykorzystywały nadzór genetyczny pod kątem SARS-CoV-2 w środowisku o niskiej częstości występowania w czasie badania, w tym w Australii (n = 2), Nowej Zelandii (n = 2), Holandii i Chinach; tylko dwa badania opisują wszechstronną integrację danych w czasie rzeczywistym Nadzór genomowy w odpowiedzi na zdrowie publiczne w dwóch środowiskach, jednym w Wiktorii (Australia) i jednym w Nowej Zelandii Nie zidentyfikowaliśmy żadnych badań opisujących wprowadzenie, rozszerzenie i późniejsze zwalczanie dużej drugiej fali klonalnej.

Wartość dodana tego badania

W tym obserwacyjnym genomicznym badaniu epidemiologicznym prezentujemy nasze wyjątkowe doświadczenie w skutecznej eliminacji SARS-CoV-2 w całej Australii po raz drugi w Australii. Reakcje zdrowia publicznego oparte na genomice były ważne w identyfikowaniu i reagowaniu na znaczącą drugą falę infekcji w Australii, która rozpoczęła się w czerwcu 2020 r. Po wstępnym zwalczeniu wirusa w kwietniu 2020 r. analizy genetyczne zidentyfikowały jako źródło obowiązkowy australijski system kwarantanny hotelowej drugiej fali. Nasza analiza bezpośrednio doprowadziła do gruntownego remontu strukturalnego programu kwarantanny w hotelu. Ponadto nasze analizy dynamiczne wykazały epidemiologiczne tempo wzrostu wirusa na początku drugiej fali podobne do współczesnych zmiennych pojawiających się, takich jak wariant B.1.1.7 w Wielkiej Brytanii. Jednak krytyczne reakcje w zakresie zdrowia publicznego, nawet przy wysokim tempie wzrostu epidemiologicznego, wyeliminowały szczep epidemiologiczny z Australii do końca października 2020 r. Kolejne przypadki zidentyfikowane w grudniu 2020 r. i styczniu 2021 r. stanowią niezależne introdukcje z ograniczonym lokalnym rozprzestrzenianiem się.

Implikacje dla wszystkich dostępnych dowodów

Nasze badanie podkreśla potrzebę ciągłej czujności, nawet w krajach, w których COVID-19 został skutecznie zwalczony. Szybkie i kompleksowe reakcje w zakresie zdrowia publicznego doprowadziły do ​​opanowania drugiej fali infekcji w Australii, nawet jeśli zaobserwowano wysoki wskaźnik wzrostu wirusa. . Połączenie epidemiologii i zintegrowanej genomiki wywarło duży wpływ na przebieg epidemii w Australii, zmieniając sposób, w jaki agencje zdrowia publicznego i agencje rządowe postrzegają epidemię i reagują na nią oraz wprowadzając analizy genomiczne do głównego nurtu publicznego dyskursu. Analiza genomowa stała się istotnym elementem reakcji zdrowia publicznego na COVID-19 w Australii, a w krajach, które opierają się na hotelowych systemach kwarantanny jako barierze dla ponownego wprowadzenia podróżnych, sekwencjonowanie genomowe zapewnia system wczesnego wykrywania potencjalnych naruszeń kwarantanny.